با این که ارتودنسی نامرئی دارای مزیت هایی می باشد اما بدون مشکل هم نیس اما برخی مشکلات آن عبارتند از: با این ارتودنسی نامرئی متحرک است اما به همکاری بیمار نیاز دارد و احتمال گم شدن پلاک نیز وجود دارد.
